从立法及实际看，村委会作为受委托主体，有不同于其他主体的特殊性，它是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，具有鲜明的自治性质。所以，在具体认定上，必然要求留给其在管理“土地征用补偿费用”上的一定的自治空间。如果不分情况地认为相关款项只要尚未发到村民手中，该款就是公款，协助人民政府对该款项的行政管理工作尚未没有完成，仍是从事法律规定的公务活动，这无疑会限缩或侵蚀村委会等农村基层组织的“自治性”，并不完全符合立法定位。并且，“土地征用补偿费用”由土地补偿费、安置补助费、附着物和青苗的补偿费等组成，诚如第二种观点所认为的，这些费用的归属是不同的，有的属于村集体，有的属于村民个人，这些费用的归属具有不同的刑法评价意义，也不宜一概而论。
但是，如果完全按照第二种观点操作，则实践中很可能难以进行。因为，实际中的土地征用补偿费用的组成、管理和发放，是比较复杂的。政府委托村委会等农村基层组织代行其事时，往往也不会将每一笔款项、每一户村民的补偿费都计算得十分清楚，时常是直接算总账后“打包”给村委会等农村基层组织，由后者根据实际情况具体计算、区分。这些费用中有补偿给村民的安置补助费、附着物和青苗的补偿费等，也有补偿给村集体的土地补偿费；而村集体获得的土地补偿费到达村集体账户后，通常村集体会提留一部分，余下则按照一定标准单独或会同安置补助费、附着物和青苗的补偿费等再发放给村民（这一过程本身也是村委会等农村基层组织自治性的体现）。在此过程中，要想清晰、科学地把每一笔钱的性质和归属厘定清楚，并不是一件容易的事情。在所谓的土地征用补偿费用进入村委会等农村基层组织的账户后，再从中把村基层组织人员侵吞的每一笔款项从归属于村集体的土地补偿费和归属于村民的土地补偿费、安置补助费附着物和青苗的补偿费中逐一捡拾出来，分别定罪处罚，显然是难以成此行的。而如果将被侵吞的款项一概认定为全部系村民的补偿费用（而不考虑村集体所有的部分），对村委会等农村基层组织人员一律以贪污罪定罪处罚，明显也是不尽合理的。
基于这些考虑，并贯彻立法精神、尊重村委会的自治权利，将土地征用补偿费用到达村委会等农村基层组织的账户作为一个判断的时间节点，一旦该款项进入村集体账户，认定该笔款项系村委会等农村基层组织的集体财产，并不失为一个操作简便、相对合理的办法。事实上，村民委员会等村基层组织人员协助人民政府从事土地征收、征用补偿费用的管理等行政管理工作，具体主要是协助政府开展核准、测算以及向土地征用受损方发放补偿费用等管理活动。土地征用补偿费用本质上是土地所有权由集体所有转为国家所有的利益补偿，一旦被征用方的损失依法得到填补，所有权转移的法律效果便已实现，故可认为针对土地征用补偿费进行管理的国家公权力的行使至此基本上已告一段落。补偿到位后，来源于政府的补偿费用就转变为因出让集体土地所有权和个人土地使用权而获得的集体财产和个人财产，故将之后村组织对该款项的处理纳入村民自治的范畴考虑，亦具合理性。
详言之，村委会等农村基层组织人员在协助政府从事此类行政管理工作过程中利用职务便利侵吞财物的方式主要有：在协助清点、丈量、测算、确认、统计土地、登记地上附着物时虚构补偿项目或多报土地面积、地上附着物数及青苗补偿亩数；在协助统计、登记、向上报送以及核实、发放补偿款时将政府拨付的补偿款不计入村集体账目，用补偿款给村干部发奖金，并以此名义套取补偿款等。如果村民委员会等村基层组织人员在协助政府从事上述公务活动过程中，利用职务便利，弄虚作假、虚报冒领套取超额土地补偿款，则应构成贪污罪。相比之下，如果上述人员协助人民政府从事的土地征收、征用补偿费用管理等行政管理工作已经基本结束，土地补偿费已经拨付给村集体（如进入村集体账户），余下的工作就是村委会等基层组织根据具体情况、标准分配款项，可认为其系在管理村集体事务，在此过程中对侵吞相关补偿费用的行为，可以职务侵占罪定罪处罚。
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