对于此案定性，不仅法院内部、法检之间有分歧，案件曝光后学者讨论热烈，也有较大争论。分歧主要在于两点：一是职务侵占罪中的侵占行为，能否涵盖贪污罪中的“侵吞、窃取、骗取”等行为方式。二是职务侵占罪的“利用职务上的便利”能否包含“利用工作便利”以及如何判断被告人系利用职务便利还是利用工作便利等。
肯定说认为，侵占的行为方式等同于贪污，不仅包括侵吞，还包括窃取、骗取等非法手段；作为单位工作人员，利用经手涉案财物的便利，就是利用职务上的便利。否定说则认为，侵占的行为方式不同于贪污，仅包括侵吞，不包括窃骗等手段，相当于国外的“业务侵占”；利用职务便利要求行为人必须具有职务上所赋予的对财物的直接控制和独立支配的权利，如果对其非法占有的财物并无直接控制与独立支配的职责与权利，则属于利用工作上的便利。
关于职务侵占罪与贪污罪的行为方式，刑法对两者的规定确有不同。《刑法》第271条第1款规定：“公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的……”；《刑法》第382条规定：“国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。”前者仅是概括地说“非法占有己有”，并未明示具体行为方式；后者则具体规定了“侵吞、窃取、骗取”等行为方式。
笔者理解，尽管立法上没有明确规定，对职务侵占罪行为方式的掌握，仍不宜仅限定为“侵吞”。《刑法》第272条第2款规定：“国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。”此款规定表明，国家工作人员实施的职务侵占，以贪污论处，实际上也把职务侵占的行为方式与贪污等而论之了，只不过因行为人的身份不同而区别定罪罢了。并且，刑法分则对多个罪名使用了“非法占为己有”的表述，在不明示其行为方式的情况下，一般也都认为其行为方式具有多样性，可能涵盖窃取、骗取等多种情况。
这里的主要问题还在于，如何认识和把握“利用工作上的便利”？经了解，这个术语较早出现在1995年《全国人民代表大会常务委员会关于惩治违反公司法的犯罪的决定》第10条中。该条规定：“公司董事、监事或者职工利用职务或者工作上的便利，侵占本公司财物，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。”该条款也是职务侵占罪的“雏形”，它明确使用了“工作上的便利”的概念，并将之与“职务上的便利”一并规定、一体认定。但是1997年刑法修改时并未继续沿用“工作上的便利”的表述，仅留下“职务上的便利”的表述。这也是学界普遍把“利用工作上的便利”将本单位财物非法占为己有的行为排除在职务侵占罪之外的重要原因。
如果按照通说的理解，“工作便利”是与职权或职责无直接关系的诸如熟悉作案环境等条件，那么，只要与职权或职责相关的便利条件则要归属于“职务便利”，那么类似杨某的行为，基本上都可以认定为“利用职务上的便利”从而以职务侵占罪定罪处罚。由此带来的一个现实后果是，一些严重违法行为可能无法入罪，造成同类行为在处理上难以平衡的问题。此问题在企业内部发生的“监守自盗”案件上更为凸现。
2016年最高人民法院、最高人民检察院《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》生效后，职务侵占6万元入罪，而盗窃2千元入罪，刑事处罚的门槛差异很大。只要有工人、保安内外勾结参与，一旦认定为“利用职务上的便利”，则按照职务侵占论，六万元以下的不予刑事处罚。更尴尬的是，《治安管理处罚法》第四十九条只规定了“对盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索、损毁公私财物行为的处罚……”，对于职务侵占等行为治安处罚没有明文依据，公安机关介入都成为问题，只能建议公司对涉事员工提起民事诉讼的索赔，由此耗费了企业大量人力物力，给企业的正常管理、生产秩序带来较大影响。
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